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In den mittleren Schichten der MRT-Daten ist keine klare Grenze zwischen Kleinhirn und Hirnstamm zu erkennen; in den höheren und in den tieferen dagegen schon. In diesen Schichten ist es leicht, auf manuelle oder auch halbautomatische Weise den Querschnitt des Hirnstamms (oder seine Kontur) zu markieren.
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Mit einem Interpolationsverfahren wird aus den markierten Hirnstammquerschnitten das fehlende Mittelstück des Hirnstamms ergänzt. Das Ergebnis ist weitgehend unabhängig von individuellen Entscheidungen des Bedieners.
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Der so konstruierte Hirnstamm ist in den folgenden Bildern gelb dargestellt. Die beiden blauen Ringe markieren diejenigen Schichten, zwischen denen der Hirnstamm durch Interpolation gewonnen wurde. Das Kleinhirn ist weiß dargestellt. Die Kleinhirnschenkel werden zum Volumen des Kleinhirns gezählt.
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